当补充协议与原合同冲突时，通常按照以下原则确定法律效力：
一、明确约定优先原则
1. 协议中的明确规定：如果补充协议或者原合同中明确约定了在两者发生冲突时以哪个为准，那么就按照该约定执行。例如，补充协议中写明“本补充协议与原合同如有冲突，以本补充协议为准”，那么在出现冲突的情况下，就依据补充协议的条款来确定双方的权利义务。
2. 特殊条款的强调：有时合同双方可能在签订补充协议时，特别强调某些条款的优先性，这种情况下也应按照双方的约定执行。比如，在一份建筑工程合同的补充协议中，双方明确规定对于工程进度的调整以补充协议的时间节点为准，那么在工程进度方面若原合同与补充协议冲突，就以补充协议的规定为准。
二、后签订协议优先原则
1. 时间顺序的考量：一般认为，后签订的补充协议是对原合同的补充和修订，体现了双方在合同履行过程中的最新意愿。因此，在没有明确约定的情况下，通常后签订的补充协议的效力优先于原合同。例如，原合同签订于年初，双方在年中签订了补充协议，对原合同中的价格条款进行了调整，那么在价格方面发生冲突时，应以补充协议的价格为准。
2. 合同目的的符合：后签订的补充协议往往是为了适应变化的情况，更好地实现合同目的。从这个角度看，后签订的协议更能反映双方在当前情况下的真实意图。比如，在一份销售合同中，原合同约定的交货地点因交通管制等原因无法实现，双方后签订补充协议变更交货地点，此时若原合同与补充协议在交货地点上冲突，应按照补充协议执行，以确保合同能够顺利履行。
三、法律规定和交易习惯原则
1. 法律的适用：如果补充协议与原合同的冲突无法通过双方约定或时间顺序确定效力，那么可以考虑适用相关的法律规定。例如，根据合同法的基本原则，对于格式条款的理解发生争议时，应当按照通常理解予以解释；对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。在某些情况下，法律可能会对特定类型的合同冲突问题作出具体规定，此时应按照法律规定来确定效力。
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